Мозжегорову как преступление инкриминируется распространение в 2007 году брошюры афонского монаха Афанасия "Отдайте нам Родину!", содержащую среди прочего обращенные к иудеям "экстремистские" слова Иисуса Христа из Евангелия от Иоанна: "Ваш отец диавол". Также экстремизм, по мнению следователей и суда, содержится в словах Христа о "бисере" и "свиньях", которые якобы возбуждают ненависть и вражду к евреям, азербайджанцам, таджикам и к "лицам кавказской национальности", а также унижают их национальное достоинство.
Предварительное вела расследование полтора года, однако Мозжегоров об этом не знал. Предъявленное в ноябре 2008 года обвинение стало для него неожиданностью. Мозжегоров был лишен процессуальных прав, гарантированных ему УПК РФ при назначении и производстве экспертиз, в том числе возможности поставить вопросы перед экспертами и предложить экспертное учреждение для проведения экспертиз.
"Экстремистский" характер брошюре следователям удалось окончательно придать только после пятого экспертного исследования брошюры. Примечательно то, что Институт криминалистики ФСБ не признал брошюру монаха Афанасия экстремистской. Обвинение основано на заключении местных экспертных учреждений: Краснодарской лаборатории судебных экспертиз и криминалистического отдела ГУВД Краснодарского края. Суд отказал в удовлетворении ходатайства обвиняемого о производстве новой экспертизы. Заключение приглашенного в суд специалиста-религиоведа Владимира Фомина не было учтено судом. Оно, как и заключение Института криминалистики ФСБ говорило о том, что брошюра соответствует православному вероучению.
Мозжегоров в своей речи на суде согласился с тем, что автор брошюры несколько резок и эмоционален на фоне социальных проблем русского народа, о которых идет речь в брошюре. Однако это "никак не является свидетельством сознательного желания оскорбить, унизить или превознестись над людьми иной национальности или вероисповедания, что видно из целостного содержания брошюры, а не из вырванных из ее контекста высказываний. Монах Афанасий в брошюре неоднократно признает абсолютное равенство всех народов перед Богом. Ни о каком экстремизме с его стороны в таких условиях не может быть и речи!".
Между тем, соратники считают, что осуждение Андрея Мозжегорова связано с его правозащитной деятельностью. Несколько лет он был председателем правозащитной организации "Правое дело" и публиковал компрометирующие материалы, связанные с деятельностью правоохранительных органов, оспорить которые стражи порядка даже не пытались. На Мозжегорова было совершено нападение, в результате которого он и его соратник были жестоко избиты и с черепно-мозговыми травмами госпитализированы. Прокуратура отказалась расследовать это дело. Напомним, что правозащитник активно участвовал в процессах, связанных с городом. За последние годы он высудил в арбитражных судах в пользу местного бюджета свыше 100 миллионов рублей.
