Между тем, заместитель главы Росприроднадзора Олег Митволь заявил, что его ведомство намерено отозвать лицензию на водопользование по проекту "Сахалин-2". Фактически это означает прекращение строительных работ. В отношении подрядчиков проекта "Сахалин-2" в ближайшее время будут возбуждены уголовные дела, добавил он. Митволь подчеркнул, что лицензия на добычу у компании "Сахалин-Энерджи" останется, и тем самым никакие договоренности нарушены не будут.
26 сентября 2006 года Росприроднадзор приступил к комплексной проверке работ по реализации проекта "Сахалина-2", которая продлится до 25 октября 2006 года. 19 сентября Трутнев подписал приказ об отмене положительного заключения госэкспертизы по второму этапу "Сахалина-2". На отмене приказа МПР настаивает Генпрокуратура, признавшая, что документ был издан в нарушение законодательства.
16 октября глава компании Shell Йерун ван дер Вир сообщил о том, что компания уже приступила к исправлению ситуации на Сахалине. Royal Dutch Shell сообщила, что ей удалось устранить большинство экологических нарушений, выявленных российскими властями в проекте "Сахалин-2". При этом добавляется, что в случае остановки проекта российскими властями будет нанесен ущерб репутации страны, и экологических проблем будет еще больше, а также появятся многомиллиардные издержки.
